EMBL数据库主页:欧洲分子生物学实验室主页,集生物信息学数据和资源于一身,提供便利的研究平台。 (embl数据库主页)

随着生物信息技术的不断发展,越来越多的研究者开始将生物信息学作为研究生物学的重要手段。EMBL数据库主页作为欧洲分子生物学实验室的主页,是一个致力于收集、整合、分析、分享分子生物学信息资源的生物信息学数据库网站。它汇集了众多的分子生物学数据和资源,为研究者提供了一个非常方便的数据获取平台。

EMBL数据库主页是一个非常重要的研究工具,它的作用在于帮助研究人员收集、整理、分类、存储和共享各种分子生物学信息数据。EMBL数据库主页中包括了很多重要的数据库资源,比如说,NCBI GenBank数据库、PDB蛋白质数据库、UniProt蛋白质数据库等等,这些数据库收录了许多不同种类的生物学信息,包括基因序列、蛋白质序列、结构等等,对于对生物学研究感兴趣的研究者来说非常有用。

EMBL数据库主页除了提供各种生物学数据信息外,还集成了非常多的生物信息学资源,比如说,生物信息学工具、软件、教育资料等等。这些资源可以帮助新手快速学习生物信息学实践技能,进而拥有更深入的理解和洞察力。

EMBL数据库主页对于研究者或科学家来说是一种非常宝贵的资源。研究者可以利用这个资源了解分子生物学领域的前沿技术和最新进展。除此之外,研究者还可以使用EMBL数据库快速查找和筛选需要的生物学数据,为研究提供了很大的帮助。此外,EMBL数据库主页还能够为研究者提供可信赖的引用,保证实验过程中数据的准确度和可靠性。

EMBL数据库主页非常有利于分子生物学领域的研究发展。EMBL数据库主页的建立为整个分子生物学领域提供了一个协作和共享的平台。在这个平台上,研究者和科学家可以自由开展合作研究,共享极为重要的生物信息学数据和资源。这样的合作平台,能够为研究者提供非常有利的条件,使得他们在科学研究中可以更有效地利用生物信息学工具和资源。

EMBL数据库主页为生物信息学领域的发展做出了非常重要的贡献。这个生物信息学研究工具为科研人员提供了便捷、安全、可靠的生物学数据信息和资源,进而尽可能更大化地促进整个分子生物学领域实现更快的发展。为了更好地推动科学技术的进展和发展,我们应该进一步支持和利用这样的生物信息学工具和资源,为生物学领域的研究带来更多投入和促进。

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蛋白质序列数据库的数据库分类

PIR数据库按照数据的性质和注释层次分四个不同部分,分别为PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。PIR1中的序列已经验证,注释最为详尽;PIR2中包含尚未确定的冗余序列;PIR3中的序列尚未加以检验,也未加注释; 而PIR4中则包括了其它各种渠道获得的序列,既未验证,也无注释。除了PIR外,另一个重要的蛋白质序列数据库则是SwissProt。该数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建,目前由瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics,简称SIB)和欧洲生物信息学研究所 EBI共同维护和管理。瑞士生物信息研究所下属的蛋白质分析专家系统(Expert Protein Analysis System,,简称ExPASy)的Web服务器除了开发和维护SwissProt数据库外,也是国际上蛋白质组和蛋白质分子模型研究的中心,为用户提供大量蛋白质信息资源。北京大学生物信息中心设有ExPASy的镜象。PIR和SwissProt是创建最早、使用最为广泛的两个蛋白质数据库。随着各种模式生物基因组计划的进展,DNA序列特别是EST序列大量进入核酸序列数据库。蛋白质序列数据库TrEMBL是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的。TrEMBL数据库创建是于1996年,意为“Translation of EMBL”。该数据库采用SwissProt数据库格式,包含EMBL数据库中所有编码序列的翻译。TrEMBL数据库分两部分,SP-TrEMBL和 REM-TrEMBL。SP-TrEMBL中的条目最终将归并到SwissProt数据库中。而Rem-TrEMBL则包括其它剩余序列,包括免疫球蛋白、T细胞受体、少于8个氨基酸残基的小肽、合成序列、专利序列等。与TrEMBL类似,GenPept是由GenBank翻译得到的蛋白质序列。由于TrEMBL和GenPept均是由核酸序列通过计算机程序翻译生成,这两个数据库中的序列错误率较大,均有较大的冗余度。另一个常用的蛋白质序列数据库是已知三维结构蛋白质的一级结构序列数据库NRL-3D。该数据库的序列是从三维结构数据库PDB中提取出来。

Genbank序列包含什么

用户可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information 美国国家生物技术信息中心信息中心,隶属于NLM-美国国家医学图书馆)的主页使用GenBank。GenBank的宗旨是鼓励科研团体对DNA序列的获取,从而促进数据库中DNA序列的丰富和更新,所以NCBI对GenBank的数据使用与发送没有任何限制。用户可从GenBank主页上下载Banklt(NCBI提供的WWW格式,用于便捷的提交 DNA序列的数据)、sequin(NCBI的独立于 操作系统的提交 软件,可用于MAC、PC和UNIX平台,也可以通过FTP远程获取)以及VecScreen(带菌污染物的筛选工具)等便于提交和更新研究成果的 应用软件。

其页面上的简单检索界面提供19种相关检索选项,分别是:PubMed、Protein( 蛋白质)、Nucleotide( 核苷)、Structure(结构)、Genome(基因组)、PMC、LocusLink、PopSet、OMIM、Taxonomy(分类学)、Books(图书)、ProbeSet、3D Domains(三维区域)、UniSTS、Domains、SNP、Journals(期刊)、UniGene、NCBI Web Site(NCBI站点)。 GenBank可以与DNA Star软件结合使用,进行基因序列分析和比对。GenBank 是一个开放获取的序列数据库,对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。 此数据库是国际协作核酸序列数据库(INSDC)的一部分,由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)主管,NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列,以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列、由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据、以及与其它数据机构协作交换数据而来。

Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库,和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据,使这三个数据库的数据同步。到1999年8月,Genbank中收集的序列数量达到460万条,34亿个碱基,而且数据增长的速度还在不断加快。Genbank的数据可以从NCBI的FTP服务器上免费下载完整的库,或下载积累的新数据。NCBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务,用户可以从NCBI的主页上找到这些服务。

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