Linux创建基因组索引的命令 (linux建立基因组索引命令)
Linux系统下，创建基因组索引是生物信息学研究中一个很重要的步骤。索引可以提高基因组比对的效率，加快数据处理的速度。本文将介绍在Linux系统中创建基因组索引的命令。
一、BWA
BWA是一个用于DNA测序数据比对的软件，可以快速比对Illumina等平台的短序列数据。该软件提供了BWA-MEM、BWA-SAMSE和BWA-SAMPE三种比对算法，支持创建基因组索引。
1.创建基因组索引
下面是创建基因组索引的命令：
“`bash
bwa index ref.fa
“`
其中，ref.fa为基因组序列文件；索引结果会生成5个文件，命名为ref.fa.amb、ref.fa.ann、ref.fa.bwt、ref.fa.pac、ref.fa.sa。
2.比对
下面是比对的命令：
“`bash
bwa mem ref.fa reads.fq > aln.sam
“`
其中，ref.fa为基因组序列文件，reads.fq为测序数据文件，aln.sam为比对结果文件。
二、Bowtie2
Bowtie2同样是一个用于DNA测序数据比对的软件，也支持创建基因组索引。
1.创建基因组索引
下面是创建基因组索引的命令：
“`bash
bowtie2-build ref.fa ref
“`
其中，ref.fa为基因组序列文件，ref为索引的输出文件名；索引结果会生成6个文件，命名为ref.1.bt2、ref.2.bt2、ref.3.bt2、ref.4.bt2、ref.rev.1.bt2、ref.rev.2.bt2。
2.比对
下面是比对的命令：
“`bash
bowtie2 -x ref -U reads.fq -S aln.sam
“`
其中，ref为索引的输出文件名，reads.fq为测序数据文件，aln.sam为比对结果文件。
三、STAR
STAR是一种用于RNA测序比对的软件，也支持创建基因组索引。
1.创建基因组索引
下面是创建基因组索引的命令：
“`bash
STAR –runMode genomeGenerate –genomeDir ./ –genomeFastaFiles ref.fa –sjdbGTFfile genes.gtf –sjdbOverhang 75
“`
其中，–genomeDir参数指定索引输出的目录；–genomeFastaFiles参数指定基因组序列文件；–sjdbGTFfile参数指定注释文件（GTF或GFF格式），用于增加基因和转录本的知识；–sjdbOverhang参数指定样本RNase的碱基长度减1。
索引结果会生成基因组索引的所有文件。
2.比对
下面是比对的命令：
“`bash
STAR –runThreadN 8 –genomeDir ./ –readFilesIn reads.fq –outSAMtype BAM SortedByCoordinate –outFileNamePrefix aln.
“`
其中，–runThreadN参数指定使用的线程数；–genomeDir参数指定的是基因组索引的目录；–readFilesIn参数指定测序数据文件；–outSAMtype参数指定输出比对结果的格式；–outFileNamePrefix参数指定输出文件的前缀。
四、HISAT2
HISAT2是一种用于RNA测序比对的软件，同样支持创建基因组索引。
1.创建基因组索引
下面是创建基因组索引的命令：
“`bash
hisat2-build ref.fa ref
“`
其中，ref.fa为基因组序列文件，ref为索引的输出文件名；索引结果会生成数量不定的文件，根据输入的基因组大小而定。
2.比对
下面是比对的命令：
“`bash
hisat2 -x ref -U reads.fq -S aln.sam
“`
其中，ref为索引的输出文件名，reads.fq为测序数据文件，aln.sam为比对结果文件。
以上就是介绍。通过理解这些命令，可以更好地进行基因组比对和RNA测序比对，提高研究效率。
相关问题拓展阅读：
BWA的命令总结
bwa的3种算核液法：
BWA-backtrack： 专门针对100bp以下的illumina测序数据 ( aln/samse/sampe )
BWA-SW：70bp-1Mbp、支持可变剪切( bwasw )
BWA-MEM：70bp-1Mbp、支持可变剪切( mem )
任何一种算法，BWA都需要首先对”参考基因组”建立FM-index (bwa-index)
无论选择哪一种比对算法，都需要对待使用的参考基键笑因组建立索引。
bwa index 的用法和参数：
在reads中划分seed区域，使用seed序列与建立过索引的参考基因组比对，选择 maximal exact matches(MEMs) 的位置作为reads在参考基因组上的正确比对区域（seed alignment），然后在此基础上通过affine-gap Smith-Waterman算法在比对区域附近延伸（seed extension）。
原本想要把BWA的3种算法都在这篇文章里整理改亮物一下，没想到周末想要偷懒，以后再续记吧，毕竟bwa mem是目前用得最多的工具。
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