PDB数据库：一个全球重要的一级数据库 (pdb数据库 一级数据库)
PDB数据库是指蛋白质数据银行（Protein Data Bank），它是一个全球重要的一级数据库。该数据库建立于1971年，旨在存储、管理和共享全球范围内的蛋白质结构信息。凭借着其卓越的数据质量和严谨的管理体系，该数据库已成为众多蛋白质科学家和研究者不可或缺的资源。
PDB数据库的起源
PDB数据库的起源可以追溯到20世纪70年代，当时用于蛋白质结构研究的技术正在快速发展。作为蛋白质结构研究数据的存储和共享平台，PDB数据库应运而生。然而，在过去的几十年中，该数据库已经经历了多次变革和升级，以适应新的技术和研究需求。如今，PDB数据库已经成为全球性的蛋白质结构研究平台。该数据库中存储了来自全球各地的高质量蛋白质结构数据，为蛋白质科学家提供了一个非常有用的资源。
PDB数据库的数据质量
对于任何一级数据库来说，最重要的就是数据质量。PDB数据库因其高质量的蛋白质结构数据而闻名。该数据库通过采用严格的审核流程和完善的质量控制体系，来确保在数据库中存储的数据的质量和准确性。此外，PDB数据库还采用了与众多国际合作伙伴一起开发的高级技术，如晶体学、核磁共振等，来生成高精度的结构数据。
PDB数据库的研究价值
PDB数据库中存储的蛋白质结构数据已经成为蛋白质科学中最重要的资源之一。这些数据可以被用于各种不同的实验和研究，如药物设计、蛋白质工程、疾病治疗等。此外，这些数据还可以被用于教育、宣传和推广，并促进更多人了解蛋白质科学和相关领域的物理学和化学学科。
PDB数据库的未来发展
随着科学技术的不断进步和创新，PDB数据库也在不断升级和完善。该数据库未来将会朝着更加开放和发展的方向前进。PDB数据库的开放性意味着它将会增加更多的数据、模型和工具，以满足更多需求。此外，该数据库还将会推动更多的可视化和交互式功能的开发，以帮助研究人员更好地理解和使用其中存储的数据。
PDB数据库是一个全球重要的一级数据库。该数据库的数据质量、研究价值和发展潜力使其成为蛋白质科学家们不可或缺的资源。因此，我们相信，PDB数据库在未来将会成为更加开放和完善的平台，为世界各国的蛋白质科学家继续提供有价值的资源。
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蛋白质三维结构数据库的功能
PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进,结构测定的速度和精度也逐步提高。90年代以来,随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟,使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。据2023年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标,其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。此外,还有核酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子瞎虚。核酸三维结构测定进展迅速。PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。
PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、磨则燃分子式、参考文献、生物来源等项。用户不仅可以得到生物大分子的各种注释、坐标、三维图形、VAML等,并能从一系列指盯衡针连接到与PDB有关的数据库，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通过FTP下载PDB数据。所有的PDB文件均有压缩和非压缩版以适应用户传输需要。PDB的电子公告版BBS和电子邮件兴趣小组(Mailing List)为用户提供了交流经验和发布新闻的空间。在PDB的服务器上还提供与结构生物学相关的多种免费软件如Raol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。
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