首个完整载入DNA鉴定数据的ICBI数据库发布 (icbi数据库)
随着科技的不断发展，DNA数据的应用范围在逐渐扩大。在犯罪侦查、亲子认证、医学检测等领域，越来越多的案例需要借助DNA鉴定技术进行分析。为了更好地满足这些需求，美国宾夕法尼亚大学的医学院与哈瓦德大学医学院等机构共同合作，开发了首个完整载入DNA鉴定数据的ICBI数据库，并于近日正式发布了该数据库。
ICBI数据库是Interinstitutional Consortium for Biological and Biomolecular Imaging的缩写，中文意为“生物和生物分子成像跨机构联盟”。该数据库是由美国宾夕法尼亚大学、哈佛大学医学院、布莱恩-麦克马诺斯自闭症中心和国家癌症研究所等机构联合开发的。它的主要功能是收集和整合生命科学中的大规模数据，并为研究者提供更全面、更深入的数据分析和探索。
ICBI数据库的发布具有重要意义。目前，虽然全球范围内的DNA数据库很多，但绝大部分都只是收集和管理着DNA样本的基本信息。而ICBI数据库的独特之处在于，它不仅收集了DNA样本的基本信息，还包含了DNA序列数据、基因表达数据、疾病标记物等详细信息，这让它成为了全球范围内首个完整载入DNA鉴定数据的数据库。ICBI数据库的发布，将有助于加强DNA科技在生命科学中的应用，推动DNA鉴定技术的发展和完善。
ICBI数据库具体包含了哪些数据呢？根据官方介绍，ICBI数据库收集了超过35万个独立样本的DNA序列数据，这其中既包括了常见基因型，也包括了罕见的突变基因型。此外，ICBI数据库还收集了来自全球多个地区的基因表达数据、蛋白质结构数据、细胞图像数据以及疾病标记物数据等。通过这些详细、丰富的数据，研究者们能够更加深入地了解各类生物学问题，涵盖了不同领域，既有医学、也有基因组学、细胞生物学等多个方向。
那么，ICBI数据库将对科研领域以及社会带来哪些影响呢？ICBI数据库的发布将为生物医学研究提供更加便利和全面的数据，可以增加科学家们的研究深度和广度，同时有助于发现新的研究方向。ICBI数据库具备基础研究和临床应用的双重价值，为医学诊断、疾病治疗、药物研发等方面带来革命性的创新。ICBI数据库的发布，有助于推动全球范围内的DNA数据标准化和认证制度的建立，进一步提高DNA数据的安全性和可靠性。
值得一提的是，虽然ICBI数据库的发布在科研社区引起了广泛的关注和热议，但它也面临着一些挑战和风险。ICBI数据库的数据规模庞大，对于数据的收集、整合、管理和维护都需要巨大的人力和物力支持。ICBI数据库中的敏感数据涉及到隐私问题。这需要研究者们对数据进行高效管理，从而确保数据的安全性和隐私性。
ICBI数据库的发布标志着DNA数据管理和利用的一个重要里程碑，有望为研究者们提供更为便捷、准确、丰富的数据资源。但是，我们也需要认识到，科技发展的每一步都需要审慎思考、务实处理，避免数据滥用和信息泄露，保障数据的安全性和隐私性。希望这个全球顶尖的DNA数据库能够取得更加长远和宏大的成果，为人类的生命科学研究和发展做出贡献。
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生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些
一般来说所用的分析工具有在线跟下载的下面简要列举一些常用在线软件的使用1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：
打开google首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，Viewreport。
二、结果：
输出序列长度918bp，载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18phage，pGEM-13Zf()，pBR322，pRKW2。
2、使用相应工具，分析下列未者帆知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及MaskedSequence。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。
进入google首页，搜索，进入主页，进入，复制序列，DNAsource选择human，运行！点击超链接，在结果中选择
AnnotationFile：_.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占首粗雹的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：
进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！
二、结果：
CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：SumCG=297，百分数=77.14
Obs/Exp：1.01、4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。凳耐得出序列是human的
进入google首页，搜索NeuralNetworkPromoterPrediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！
二、结果：
位置：711—761，1388—1438，1755—1805；
5、运用SpliceSitePrediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索SpliceSitePrediction，进入主页，复制序列。Organi选择Humanorother。其他默认，运行！
二、结果：
供体：
受体：
6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predictedgenes/exons和predictedpeptidesequence(s)两个部分)。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择allresources（A~Z），选择O，选择ORFfinder。复制序列，默认，运行！
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organi:Maize，，其他默认，运行！
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的RecognitionSequence和Type。
一、步骤：进入google首页，googleinEnglish，搜索REBASE，进入主页，分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！
在MboI中选择之一个，EcoI选择第二个。
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（ForwardPrimerandReversePrimer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechkinput，sunmit，；；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度bp，退火温度为50-60℃；。
二、结果：
GC含量：
引物的位点：
Tm值：
产物长度：。
9、将下面的序列用NEBcutter2.0工具分析，用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切，并用抓图提交胶图（viewgel），要求1.4%agarose和Marker为100bpDNALadder。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST，得知是linear。
进入google首页，搜索NEBcutter2.0，进入主页，选择linear，运行！选择customdigest，，把“1”改为“4”，选择平末端，后digest。Viewgel。选择1.4%agarose和Marker为100bp。
二、结果：
然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot适用于检索的computepi/mw求理论分子量分子量protparam物理化学性质protscale亲水性疏水性peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Aligntwosequences）
DNA序列分析——ORFFinder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0(tools.neb/NEBcutter2/index.php)
注：Customdigest–viewgel
限制性内切酶数据库——REBASE(rebase.neb/rebase/rebase.html)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（ComputepI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass）
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)–Toolbox–Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
列举常用的生物信息学数据库及序列对比常用软件及特点
一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：
打开google 首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，View report。
二、结果：
输出序列长度918bp，
载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。
一、步骤：
进入google首页，进悔搜入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。
进入google首页，搜索RepeatMasker，进入RepeatMasker主页，进入RepeatMasking，复制序列，DNA source选择human，运行！点击超链接，在结果中选择
Annotation File ：RM2sequpload_.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：
进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！
二、结果：
CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：Sum C+G=297，百分数=77.14
Obs/Exp：1.01
4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Neural Network Promoter Prediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！
二、结果：
位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：
进册前数入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Splice Site Prediction，进入主页，复制序列。Organi选择Human or other。其他默认，运行！
二、结果：
供体：
受体：
6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择all resources（A~Z），选择O，选择ORF finder。复制序列，默认，运行！
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，州首进入主页，Organi:Maize， ，其他默认，运行！
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。
一、步骤：进入google首页，google in English，搜索REBASE，进入主页， 分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！
在MboI中选择之一个，EcoI选择第二个。
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度bp，退火温度为50-60℃； 。
二、结果：
GC含量：
引物的位点：
Tm值：
产物长度：。
9、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析，用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切，并用抓图提交胶图（view gel），要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST，得知是linear。
进入google首页，搜索NEBcutter 2.0，进入主页，选择linear，运行！选择custom digest， ，把“1”改为“4”，选择平末端，后digest。View gel。选择1.4% agarose和Marker为100bp。
二、结果：
然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物
NCBI(
www.ncbi.nlm.nih.gov
)-GenBank数据库
数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）
蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）
两序列比对（Align two sequences）
DNA序列分析——ORF Finder(
www.ncbi.nlm.nih.gov
/gorf/gorf.html)
分析实验序列外显子部分——GENSCAN（
）
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.(
)
注： Custom digest — view gel
限制性内切酶数据库——REBASE(
)
设计引物扩增实验序列——Genefisher
Primer 3
蛋白质序列分析及结构预测：
1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass）
5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）
6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）
多物种分子系统发育分析：EMBL（
www.ebi.ac.uk/embl/
)–Toolbox–Clustal2W
人脂联素蛋白质序列：NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体：P05019
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